Question

＆＃39; betadisper＆＃39;素食主义者中的函数[R]根据距离

计算一组站点的多变量离散度

我有一组包含多组网站的距离矩阵：

dis <- vegdist(correct_tree_data)

我创建了我的＆＃39;群组＆＃39;使用＆＃39;因素＆＃39;功能（23个站点的23个级别），每组有不同的号码。网站

groups <- factor(c(rep(1,144), rep(2,49), rep(3,121), rep(4,81), rep(5,81), rep(6,81), rep(7,36), rep(8,289), rep(9,324), rep(10,225), rep(11,256), rep(12,225), rep(13,289), rep(14,289), rep(15,144), rep(16,225), rep(17,225), rep(18,225), rep(19,225), rep(20,225), rep(21,225), rep(22,225), rep(23,225)), labels = c("s1_05","s2_05","s3_05","s4_05","s5_05","s6_05","s7_05","s1_10","s2_10","s3_10","s4_10","s5_10","s6_10","s7_10","s8_10","s1_15","s2_15","s3_15","s4_15","s5_15","s6_15","s7_15","s8_15"))

使用＆＃39; betadisper＆＃39;但是，我收到以下错误消息：

mod＆lt; - betadisper（dis，groups）

pts [groups == i ,, drop = FALSE]中的错误:(下标）逻辑   下标太长了

级别确实与距离矩阵中的组数量相匹配。每组重复次数

还有什么可能导致此错误？

Answer 1

只要尺寸/长度与此功能匹配，就可以正常工作：

require(vegan)
data(varespec)

dis   <- vegdist(varespec)
group <- factor(rep("grazed", NROW(varespec)))
mod   <- betadisper(dis, group)
mod

多变量分散的均匀性

致电：betadisper（d = dis，group = group）

没有。正特征值：15个负特征值：8

到中位数的平均距离：放牧   0.4255

PCoA轴的特征值：PCoA1 PCoA2 PCoA3 PCoA4 PCoA5 PCoA6   PCoA7 PCoA8   1.7552 1.1334 0.4429 0.3698 0.2454 0.1961 0.1751 0.1284

但是，如果您的因子长度超过应有的长度，那么您将收到该错误：

group <- c(group, "extra data")
betadisper(dis, group)

pts [groups == i ,, drop = FALSE]中的错误:(下标）逻辑下标太长了

我知道您不会认为这是您遇到的问题，因此，如果您提供reproducible example，我们可以进一步调查您的具体案例。

使用R betadisper函数时出错

1 个答案: