R - 素食包。 metaMDS错误

Question

我想知道为什么我在运行metaMDS时遇到此错误：

  

'comm'有负面数据：'autotransform'，'noshare'和'wascores'设置为FALSE

我想做NMDS和树状图，但可以使用上面的错误。

如果有人想查看DATASET，我的数据集可供下载。导入数据后，我转换了列和行。之后，我在尝试运行metaMDS之前用O替换了NA值。

    abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE)        
    abundance[is.na(abundance)] <- 0
    abundance_trans <- t(abundance)
    metaMDS(abundance_trans, distance = "bray", k = 2, trymax = 50)

Answer 1

1. 这不是错误消息，而是信息：metaMDS告诉您有负数据条目，并且它不会做出一些默认使用非负数据的技巧。
2. 第二个问题是您要求Bray-Curtis不同，这些差异仅适用于非负数据。

您有两种选择：要么处理负值，要么使用不相似度量而不是处理它们。如果您认为自己没有负面数据，那就错了：计算机知道。在读取数据时可能会出错，并且您可能有不应该有的列或行。检查您的数据。