编织物，抑制纯素食者metaMDS产生的nms应力

Question

我想用NMS规则编制报告。我想将代码包括在报告中，但不包括运行压力。

我尝试过message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'，但它仍包含在报告中。

bc.nms <- metaMDS(as.dist(bc), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F)

## Run 0 stress 0.2484634 
## Run 1 stress 0.2548965 
## Run 2 stress 0.2660619 
## Run 3 stress 0.2471903 
## ... New best solution
## ... Procrustes: rmse 0.07881697  max resid 0.198888 
## Run 4 stress 0.2515325 
## Run 5 stress 0.2456675 
## ... New best solution
## ... Procrustes: rmse 0.04504745  max resid 0.2189408 
## Run 6 stress 0.2563108  

我只想要

bc.nms <- metaMDS(as.dist(bc), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F)

如果它有助于弄清楚如何抑制不必要的结果，这是我的编织选项和报告的屏幕截图

output: html_document: toc: true # table of content true depth: 3 # upto three depths of headings (specified by #, ## and ###) self_contained: yes

更新。抱歉，应该改为使用纯素食数据集。

install.packages("vegan")
library(vegan)
data(dune)
bc.nms <- metaMDS(dune, k=2, trymin=50, trymax=500)

素食主义者中的解决方案比capture.output（也可以工作）更直接

bc.nms <- metaMDS(dune, k=2, trymin=50, trymax=500, trace=FALSE)

Answer 1

基于this answer，您可以尝试：

capture.output(bc.nms <- metaMDS(as.dist(mtcars), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F), file='NUL')

我会收到警告，因为我只是在使用mtcars数据集，不确定是否这样做，但也可以事先使用options(warn=-1)来抑制它们。