解释metaMDS procrustes轮换

Question

metaMDS中的vegan函数是否会旋转排序解决方案，以便第一个轴解释最多的方差？如果没有，有没有办法实现这个目标？

Run 20 stress 0.09957583 
... Procrustes: rmse 0.0001349268  max resid 0.0009665635 
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我也不确定如何解释procrustes数据。 RMSE和最大残差的值代表什么？

谢谢！

Answer 1

是的，确实如此。文档（?metaMDS）以这种方式表达：

  

主要组件旋转配置以便     点的方差在第一维上最大化

当使用PC旋转时，输出也会打印：

Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling

然而，这与用于在迭代步骤期间评估解决方案的相似性的Procrustes旋转无关。 PC轮换仅涉及最终返回的结果。

关于RMSE和最大残差的解释：它们是在迭代期间比较两个解决方案的统计数据。 RMSE是一种平均差异，max是最大差异。如果它们很小，则两次迭代产生类似的结果。要查看它们的含义，请使用选项metaMDS运行plot = TRUE，并在运行结果时绘制所有Procrustes轮换。该图中的蓝色箭头将显示差异，RMSE是平均箭头长度，最大残差是最长箭头的长度。如果你没有看到太多的箭头，那么两个解决方案是如此相似，以至于看不到差异。