Question

我正在试图弄清楚我应该如何解释纯素食品中procrustes分析的输出。具体而言，summary(procrustes_object)与protest函数之间的平方和结果有何差异？

这是一个玩具示例：

library(vegan)

#some environmental data
env <- read.table(header=TRUE, row.names="site",text="site  temp    rainfall    ph
A   11  600 6
B   13  550 8
C   13  500 6
D   13  450 8
E   14  400 7
F   15  400 7")

#some animal abundances
animals <- read.table(header=TRUE,  row.names="site",text="site frogs   birds   mammals insects spiders
A   54  45  32  88  77
                      B 64  54  30  85  74
                      C 50  49  28  81  50
                      D 30  43  26  84  60
                      E 13  44  24  86  40
                      F 14  51  22  50  22")

#some tree abundances
trees <- read.table(header=TRUE,  row.names="site",text="site   elm oak maple   yew willow  pine
A   1   55  44  81  34  88
B   3   58  50  78  40  87
C   7   56  40  74  33  75
D   3   54  24  77  22  80
E   1   55  10  79  14  70
F   7   57  11  43  15  61")

#run CCAs for animals and trees against available environmental data
cca_animals <- cca(animals, env)
cca_trees <- cca(trees, env)

pro1 <- procrustes(cca_animals, cca_trees) #run procrustes to compare animal and tree CCAs
summary(pro1) #procrustes sum of squares = 0.786
protest(cca_animals, cca_trees) #procrustes sum of quares = 0.047
#correlation in a symmetric procrustes rotation=0.976

我得到的两个平方和结果非常不同，但我不确定我应该使用哪个。此外，这与抗议输出中的“相关”值有何关系？和往常一样，我确信这个问题很大程度上是由于我对基本统计数据的无知，但一如既往，非常感谢补习教育。

Answer 1

基本Procrustes和PROTEST之间的主要区别在于protest始终是对称的，而procrustes默认为非对称：procrustes将一个解决方案转换为另一个（目标）。您的问题显然是对称的，您应该procrustes使用参数symmetric = TRUE或等效protest。

我不确定Procrustes分析对您的情况非常有用。你有两个约束排序，两个约束相等。如果查看所有约束轴和LC分数（约束的线性组合），约束的坐标也将相等。如果你尝试

，你会看到这个

plot(procrustes(cca_trees, cca_animals, scores="lc", symmetric=TRUE, choices=1:3))

如果您有足够的约束并只查看第一个维度，那么您可能会有一些差异（在这种情况下非常少）。此外，当您查看加权平均值分数（procrustes中的默认值）时，您会获得更多分散。但是，您应该自己思考是否可以有效地解释分析。这是一个非技术性问题，不适用于StackOverflow。

解释素食主义者的产量

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