Question

我有来自16个不同样本（木质部组织）的真菌种类的丰富表，属于三个健康类别。

我想根据健康类别想象这些样本的相似性。我运行了metaMDS（素食包）并绘制了metaMDS的输出，这里是获得距离的一个例子（data_mds）

      NMDS1        NMDS2
1  -25.82806 -0.216970172
2  -24.59347 -0.377391024
3  -25.80740  0.268355050
4  -23.41391 -0.793553278
5  -25.93017  0.179795622
6  -25.39369  0.471681826
7  -25.29794  0.044754740
8  -24.68337  1.612166365
9  400.26576  0.003309978
10 -23.21608 -0.632045558
11 -22.67440  0.268931564
12 -23.93604  0.551203963
13 -23.55546 -1.304642023
14 -25.77035 -0.989877602
15 -25.77835 -0.226395569
16 -24.38708  1.140676118

如果我绘制它们，样本9将扭曲所有图形，因此所有其他15个样本将在一个地方重叠（如图所示）。

15 samples overlapping and sample no.9 alone

我尝试使用gap.plot在两组之间创建一个间隙，但我无法弄清楚如何创建一个图，其中15个样本更加分离（x和y轴）然后有一个样品9的单独部分。使用此代码，我设法创建两个单独的图，但正如您在图2中看到的那样，15个样本不会在x轴上展开。

nmds_plot <- plot(data_mds, main = "NMDS", type="none")
gap.plot(nmds_plot, gap=c(300, 350), gap.axis="x", xlim=c(-30, 500), ylim = c(-2, 2))

cols <- c("darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise",
      "grey0","grey0","grey0","grey0",
      "chocolate1","chocolate1","chocolate1","chocolate1")
pch_data_mds<-c(15,15,15,15,15,15,15,15,17,17,17,17,19,19,19,19)

points(nmds_plot, col=cols, pch=pch_data_mds, cex=1.4)

abline(v=0, col="gray59", lty="dotted")
abline(h=0, col="gray59", lty="dotted")

colsleg <- c("darkturquoise", "grey0", "chocolate1")
legend("topright", legend = c("Low", "Medium", "High"), col=colsleg , pch=c(15,17,19), cex=0.5, title = "Vitality classes")

graphs divided but with the 15 samples not spaced on the x axis

感谢您的帮助

Answer 1

你有不连续性和异常值。在圣职任命图中没有办法让轴断裂，但结果就是这样。但是，您可以使用xlim和ylim参数将绘图限制在所需范围内。通常你必须给出两个限制，因为排序图将具有相等的宽高比。但是，通常你会在叠加的点上找到很少的结构，但是你需要处理异常值。通常情况下，异常的原因是与其他要点没有任何共同之处。删除异常值通常会有所帮助。有时，在noshare = TRUE电话中设置metaMDS会有所帮助。

图中的轴断裂metaMDS

1 个答案: