Question

我从＆＃34; vegan＆＃34;运行make_work时遇到错误R包：

net <- make_network(ps)

Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N *  : 
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

这是我的sesion信息：

R version 3.4.4 (2018-03-15)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] vegan_2.5-1             lattice_0.20-35         permute_0.9-4          
[4] phyloseqGraphTest_0.0.1 ggplot2_2.2.1           phyloseq_1.22.3

我已经看到与此错误相关的其他案例，建议卸载并重新安装素食主义者，因此我做了（因此最近更新了包），但无济于事。

Answer 1

这很可能是 phyloseq 与素食主义者内部交互的问题 - 至少在素食主义者中报告过类似的问题在github中的 phyloseq 。替代方案似乎是：

您可以尝试在素食主义 2.5-1更新后帮助重新安装 phyloseq （到同一版本）：似乎 phyloseq 在安装或构建时保存素食主义功能（我不知道），即使素食主义者发生变化，也会使用该私有版本。
将纯素降级为2.4-6，这是旧内部的最新版本（也用于 phyloseq ）。
等到问题在 phyloseq 中修复。
如果可能的话，试着找到解决问题的方法。

Answer 2

我有同样的问题（来自phyloseq，ordinate（）的另一个函数），并认为我让它工作。人们非常详细地讨论了它：https://github.com/joey711/phyloseq/issues/921。在上面链接的页面上阅读了cjfields的建议之后，我将离开这里对我有用的东西。

# First get stringi straight
install.packages("stringi", configure.args="--disable-pkg-config")
library(stringi)
packageVersion("stringi")
# Vegan
install.packages("vegan")
library(vegan)
packageVersion('vegan') #should be 2.5-1 (or more recent, if someone reads this later)
# Phyloseq. Install the latest version from github (the version on other repos may still have the bug)
library("devtools")
install_github("joey711/phyloseq")
library(phyloseq)
packageVersion('phyloseq')

在此之前，我尝试降级素食主义者并再次安装phyloseq，但没有成功。

Answer 3

从github安装phyloseq。它解决了这个问题。

library("devtools")

install_github("joey711/phyloseq")

packageVersion('phyloseq')

[1]'1.23.1'

Answer 4

我不知道那个R版本，但是对于R 3.3.3，我降级到纯素食主义者2.4.2，这解决了它。我还需要降级到猿4.0，以使其与较旧的phyloseq不兼容。由于需要生物仿制药0.22，因此无法使用devtools升级phyloseq。

R错误中的Make_network错误 - ＆＃34; veg_distance＆＃34;不适用于.C（）for package＆＃34; vegan＆＃34;

4 个答案: