打印序列与文件对齐

Question

我使用Bioctrctor Biostrings包中的pairwiseAlignment进行简单的成对DNA序列比对：

library('Biostrings')
seq1 = 'ATGCTA'
seq2 = 'ATGTA'
pairwiseAlignment(pattern = seq1, subject = seq2)

输出如下：

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] ATGCTA 
subject: [1] ATG-TA 
score: -4.091219 

对于很长的序列，输出被截断，只显示一行：

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] AT-------------------------------------------------...----------------TGTCTTCCAKATCTGGCGCGCCTGGGTTGATATC 
subject: [1] ATTGGCGGCCGCGCCACCATGCCAGAGCCAGCGAAGTCTGCTCCCGCCCCG...GAAGGCTGTATGCTGTTGTCTTCAAGATCTGGTACCGCTGGGTTGATATC 
score: -29418.8

如何将完整对齐输出到文本文件？

Answer 1

以下是bioconductor邮件列表讨论的链接。到目前为止，没有简单的方法来打印格式化的对齐方式，但也许值得实现。

https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-April/044904.html

Answer 2

我认为printPairwiseAlignment()包中的R函数Biostrings是按照我想象的方式设计的。