非生物序列比对工具

时间:2012-08-16 09:17:45

标签: sequence-alignment

是否有用于对齐任意大字母的序列的工具/库?

市场上几乎所有的序列比对工具都集中在生物序列(核苷酸或肽)上。然而,在我的例子中,序列由数百个不同的元素组成,它们不能编码为ASCII字符串。因此,我需要一个工具或库,它可以简单地对齐两个(或更多)整数数组。

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

我无法找到这样的工具或库,因此我实现了自己的Python库以进行通用序列比对。它是开源的:https://github.com/eseraygun/python-alignment

您也可以从PyPI下载:http://pypi.python.org/pypi/alignment