使用HMMER3.0将蛋白质序列与Pfam文件对齐（hmmalign）

Question

我正在使用HMMER 3.0（hmmalign具体）将人类的整个蛋白质组与Pfam文件对齐。我得到了蛋白质组here和Pfam文件here，并使用以下命令下载了文件Pfam-A.hmm.gz：

hmmalign -o human.out Pfam-A.hmm Homo_sapiens.GRCh38.pep.all.fa

我收到了错误：

Error: HMM file Pfam-A.hmm does not contain just one HMM

Answer 1

我认为你可能在使用错误的工具。要从他们的网站引用HMMER手册，第70页：

  

hmmscan用于搜索蛋白质序列以反对其集合   蛋白质谱。

     

对于 seqfile 中的每个序列，使用该查询序列在 hmmdb 中搜索配置文件的目标数据库，并输出具有最重要匹配项的配置文件的排序列表序列

因此，请尝试将hmmalign更改为hmmscan。