有关Biostrings的错误消息

Question

我正在使用代码，在某些时候我有类似的东西

anna <- DNAStringSet()
for (chr in c(paste('chr',seq(1,22),sep=''),'chrX','chrY')){
.
.
.
anna.view<-DNAStringSet(Views(unmasked(Hsapiens[[chr]])
.
anna<-append(anna,anna.view)
}
gc()
}
anna

library(rGADEM)
gadem <- GADEM(anna, genome = Hsapiens)

Warning message:
Using XStringViews() on a character vector is deprecated.
Please use instead something like:
  as(DNAStringSet(x)), "Views")
if you really want views, otherwise just:
  DNAStringSet(x)

该消息是什么意思？我是否必须更改代码中的任何内容，或者继续安全？

Answer 1

关于XStringViews deprecated的警告警告您可以使用此功能，但不鼓励使用此功能，因为存在更好的替代方案（警告中建议使用替代方案）。但是，您仍然可以使用该功能。

我认为生成警告的代码来自包中的函数。但是没有可重复的例子，这很难说。如果从程序包生成警告，请升级到最新版本以查看是否能解决问题（尽管程序包看起来不像是主动维护）。或者，您邮寄包维护者并告知此问题。

最重要的是，您仍然可以在研究中使用该软件包，该警告涉及纯粹的软件技术问题。然而，没有garantuee代码将在新版本的R或Bioconductor中运行，因为已弃用的代码有时会被删除。