DNA中的DNAStringSet错误Biostrings

Question

我在Biostars上发布了同样的窘境，但似乎流量很低，所以我想我可能会把它放在这里。

我试图使用Bioconductor的'Biostrings'包和'DNAStringSet'函数将序列的fasta文件导入R中，但我一直得到同样的错误：

Error in .Call2("new_XString_from_CHARACTER", classname, x, start(solved_SEW),  : 
key 112 (char 'p') not in lookup table

我的fasta文件（“FileName.fa”）由各种长度序列组成，格式如下：

>GeneNameOne
CAGACACCCATAGATACAGATAGACAGATAGAGAAGACACCACCACACAATGA
>GeneNameTwo
CGCGACATGAACCCATGATAGACGATGAGACCCCACACACACC
...etc

我在Unix终端中执行了'grep p FileName.fa'，但是我没有收到任何输出。

有没有人知道发生了什么？

提前致谢。

Answer 1

我明白了。我用过#DNA; readDNAStringSet＆＃39;而是这样：

FileName <- readDNAStringSet("FileName.fa")

它的工作非常出色。

希望这可以帮助其他有类似问题的人。