（biostrings）writeXStringSet-Error message - 'x'必须是XStringSet对象

Question

我正在尝试使用Biostrings函数'writeXStringSet' 我的字符串是'AAAAATTTTCCCCGGGG' 序列的名称是'NAME' 我试过跟随脚本

writeXStringSet(seq,width=70,format="fasta"))

但我一直收到以下错误

  

'x'必须是XStringSet对象

我做错了什么？

Answer 1

在Bioconductor support site上询问有关Bioconductor封装的问题。你有一个字符向量，但想要一个DNAStringSet（在这种情况下X = DNA，但如果这是一个氨基酸序列，也可能是AA）。

dna = DNAStringSet(seq)

可能您打算在序列c(foo="AAA", bar="ATCG")或names(dna) = c("foo", "bar")上添加姓名，否则以fasta格式书写是没有意义的。