Question

我在文本文件中列出了一些蛋白质列表，如下所示：

ATF-1 MET4  
ATF-1 NFE2L1  
ATF-2 ATF-7  
ATF-2 B-ATF    
ARR1 ARR1  
ARR1 CHOP

我想从文本文件中读取并使用Java或Perl中的邻接列表在无向图中实现它们。我想计算边的最小和最大数量，节点之间的最短和最长路径，以及其他类似的函数。

Answer 1

在perl中，您可以使用这样的哈希来表示图形：

use warnings;
use strict;

my %graph;
sub add_edge {
    my ($n1, $n2) = @_;
    $graph{$n1}{$n2} = 1;
    $graph{$n2}{$n1} = 1;
}

sub show_edges {
    foreach my $n1 (keys %graph) {
        foreach my $n2 (keys %{$graph{$n1}}) {
            print "$n1 <-> $n2\n";
        }
    }
}

while (<>) {
    my ($n1, $n2) = split /\s+/;
    add_edge($n1, $n2);
}

show_edges();

像这样运行：

perl script.pl input.txt

对于最短路径，您必须决定要搜索最短路径的起始节点和结束节点。

为此你可以使用Dijkstra的算法。简而言之，这就是算法的工作原理：

让我们调用起始节点A和结束节点B.

假设我们已经知道从A到B的最短路径。如果我们在B处，那么使用最便宜的路径回溯我们的步骤应该会让我们回到A点.Dijkstra的算法从A开始并记录成本转到所有A的相邻节点的路径，并为每个相邻节点重复该过程。完成后，我们可以通过从B回溯到A来打印从A到B的最短路径。

获取节点数：print keys %graph; 要获得边数，您必须（唯一地）计算每个哈希元素中的条目数，例如计算一个节点的边数：print keys %{$graph{'ATF-1'}};

Answer 2

看看Open source libraries to design directed graphs。他们的建议是使用JGraphT。 javadoc表明他们已经实施了各种图表操作，包括shortest path。

如何使用Perl或Java中的邻接列表为PPI实现无向图？

2 个答案: