R或python中的隐马尔可夫模型实现

Question

你知道有关如何在python，R（Bioconductor）中实现HMM的任何好的文献和/或教程吗？ （特别是对于序列分析）

Answer 1

CRAN上有HMM包，这可能是一个很好的起点。

http://cran.at.r-project.org/web/packages/HMM/index.html

这很容易从R本身找到：

RSiteSearch("HMM")

Answer 2

GHMM for python有tutorial，但它很短，他们承认“Currently, the GHMM is utterly lacking in documentation.”

我喜欢the Rabiner paper。

我有the use of HMM for genetic mapping的技术报告。

我建议阅读一些Rabiner然后实现一些东西。前进/后退方程只是几行。