使用OpenCV分析蛋白质凝胶的数据

Question

所以我想做的是编写一个应用程序，至少在未来，可以移植到移动平台（如android），可以扫描蛋白质凝胶的图像并返回数据，如乐队的数量（即重量）在一列中，相对浓度（带的厚度），以及每列中每个的重量。

对于那些不熟悉的人，将变性蛋白质的混合物（基本上是直接完成的分子）加载到每个柱子中，并且利用电力将蛋白质拉过凝胶（因为蛋白质是极性分子） 。此图像http://i52.tinypic.com/205cyrl.gif每侧的末端列是放置已知重量的蛋白质混合物的地方（因此，如果您有4种不同的重量，顶部的带子是最大的重量，并且重量/大小是蛋白质越往下降就越小。是否可以使用OpenCV进行分析？给定的图像是一个非常干净的凝胶，它们经常会变得非常混乱（参见谷歌图片）。我想如果我允许用​​户输入列数，哪些列包含已知的重量标记和它们的实际重量，以及提供一个可调节的矩形来调整凝胶边缘的大小，也许可以扫描和从这些凝胶的图像中提取数据？我浏览了一本关于OpenCV的教科书，但我没有看到任何明显可靠的方法来解决这个问题。有任何想法吗？也许一个不同的图书馆更适合？

Answer 1

我相信你可以使用OpenCV

来做到这一点

我的方法是基于颜色的分离。然后计算单独的不同组件。

您可以通过大步骤执行以下步骤：

1. 加载图片，通过应用的GUI手动旋转图像，以满足您的需求

2. 创建第二个灰度图像，其中每个像素包含[0,255]之间的值，表示原始点的颜色与目标颜色的匹配程度（在this image的情况下，蓝色） 在我的一个实验中，我使用模糊集和alpha切割的概念来提取某种颜色的对象。三角隶属函数给了我很好的结果。这只是意味着我已经定义了triangular functions for all three color channels RGB，并将每个颜色的结果总结为输入。如果颜色的值接近三角形的中心，那么我有很强的相似性。另外，通过控制三角形的宽度，您可以定义匹配的容差。 （另一种选择是使用梯形隶属函数）

3. 此时你有一个灰度图像，背景（凝胶）是黑色，蛋白质是灰色/白色。如果您希望消除一些噪音，请使用morphological operators（第127页）侵蚀和扩张（cvErode和cvDelate in openCV）。

4. 之后，可以使用此great openCV based blob extraction library提取剩余灰色区域的边界框 - 代表蛋白质

5. 拥有边界框的所有坐标，您可以应用自己的算法，提取您想要的任何数据

在我看来，OpenCV为您提供了所有必要的工具。但是，可能很难获得完全自动化的解决方案。但我确信您可以轻松构建一个GUI，您可以在其中设置您在上述步骤中应用的运算符的参数

至于Android：我没有为移动平台开发，但我知道你可以为这些设备创建C ++应用程序 - 已经阅读了几个关于iPhone和iPhone的问题。 openCV - ，所以我认为你的应用程序是可移植的，或者至少是它的图像处理部分（GUI可能过于特定于平台）。