大距离矩阵(17Gb)至R中的成对距离列表

时间:2020-10-21 22:39:30

标签: r matrix distance

所以我有一个非常大的距离矩阵17Gb,试图将其转换成成对的距离列表。如果我的dist对象很小,我可以做到这一点。但是我不能和我的大伙伴一起做。有什么建议吗?

  let provider = new firebase.auth.GoogleAuthProvider();
  firebase.auth().signInWithPopup(provider).then(function(result){
    console.log(result);
}, function(error){
   console.log(error.code);
   res.json({
      data: error.code
   })
});   

但是,当我对大距离进行相同的操作时,会出现错误

library(spaa)
small_dist <- dist(small_df, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE)

#Pairwise distance, write only if dist <2
pairlist_small <- subset(dist2list(as.dist(t(small_dist))), value <2) 

> head(pairlist_small)
     col row     value
1    1:1 1:1 0.0000000
7    2:7 1:1 0.1732051
62   1:2 1:2 0.0000000
73  3:13 1:2 0.1732051
123  1:3 1:3 0.0000000
139 4:19 1:3 0.1732051



有什么想法可以在我感兴趣的这么远的地方做同样的事情?

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