Question

我有一对分离株之间遗传距离的距离矩阵，例如：

structure(c(0, 0.5, 0, 0.5, 0, 0.3, 0, 0.3, 0), .Dim = c(3L, 
3L), .Dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C")))

我已经制作了约5000个分离物的巨大的热图，但是通过读取标签来提取感兴趣的区域还远远不够，因此我想过滤距离矩阵以获得例如。距离<0.5的所有分离株对。

我的输出看起来像：

B    C    0.3

我该怎么做？

Answer 1

像这样吗？

m <- structure(
  c(0, 0.5, 0, 0.5, 0, 0.3, 0, 0.3, 0),
  .Dim = c(3L,
           3L),
  .Dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C"))
)
# we convert matrix m to long format
m2 <-
  matrix(m, dimnames = list(t(outer(
    colnames(m), rownames(m), FUN = paste
  )), NULL))
# and finally we subset it
(vec <- m2[m2[, 1] < 0.5,])
#> A A A C B B B C C A C B C C 
#> 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.3 0.0

根据最大距离从距离矩阵中提取

1 个答案: