基于字符串的距离矩阵

Question

现在我的数据集就是这个，我正在尝试计算距离矩阵以绘制聚类。字符串必须完全匹配，我标记了食谱A，B，C，但它们可以是＆＃34; Pizza＆＃34;，＆＃34; Pasta＆＃34;，＆＃34; Salad＆＃34;等等，我需要创建一个显示配方之间连接的集群图表，但首先需要距离矩阵。现在正在使用它，

       library(proxy)
       mat = as.matrix(dist(data)) 

我获得了9x9矩阵，而不是所需的3x3

如何根据连接客户以绘制的相反配方获得距离矩阵，反之亦然？

Answer 1

以下是如何创建距离矩阵：

data <- read.table(sep=",", text="1,A
2,B
1,C
2,C
2,B
3,A
3,B
3,C
3,D")
data <- reshape2::dcast(
  data, 
  V1~V2, 
  fun.aggregate = length, 
  value.var="V2"
)
(mat <- as.matrix(dist(data, meth = "binary")) )
#     1   2   3
# 1 0.0 0.5 0.4
# 2 0.5 0.0 0.4
# 3 0.4 0.4 0.0