从距离矩阵中提取子矩阵

时间:2016-09-05 12:13:30

标签: r matrix euclidean-distance

我有一个这种形式的距离矩阵," _M"是模拟基因和" _W"是野生型基因。现在,距离矩阵显示了每个基因之间的距离(甚至在模拟基因之间)

                 ENSG00000186340_M ENSG00000198176_M ENSG00000198742_M ENSG00000204217_M ENSG00000204490_M ENSG00000205250_M ENSG00000243709_M

ENSG00000005339_M   410.1728383          36.10055          83.36385          218.3354        410.770123          277.2033        410.770123
ENSG00000011465_M     0.7504737         409.56151         327.54562          191.2074          1.295231          132.5045          1.295231
ENSG00000039319_M    82.3574833         173.95419         256.39415          390.8659        582.936553          449.1682        582.936553

                  ENSG00000005339_W ENSG00000011465_W ENSG00000039319_W ENSG00000049323_W ENSG00000055130_W ENSG00000067560_W ENSG00000067900_W

ENSG00000005339_M    221.9562       409.7261224         117.04727        405.669658         193.75271          43.45059         179.09973
ENSG00000011465_M    559.6470         0.6048307         524.45115          3.819013         592.46519         431.00051         588.15446
ENSG00000039319_M    216.2970       581.8796708          57.54276        577.848465          97.77784         163.35507          36.63868

。我想要的这个距离矩阵是所有相同基因之间的距离,但在Mock和Wild类型之间。例如,我想只提取子矩阵。

                  ENSG00000005339_W ENSG00000011465_W ENSG00000039319_W ENSG00000049323_W ENSG00000055130_W ENSG00000067560_W ENSG00000067900_W

ENSG00000005339_M    221.9562       409.7261224         117.04727        405.669658         193.75271          43.45059         179.09973
ENSG00000011465_M    559.6470         0.6048307         524.45115          3.819013         592.46519         431.00051         588.15446
ENSG00000039319_M    216.2970       581.8796708          57.54276        577.848465          97.77784         163.35507          36.63868

如果你能看到基因名称相同,除了基因名称末尾的_M或_W。如何从距离矩阵中提取子矩阵?

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