Question

我有一个bam文件并使用bioperl（Bio :: DB :: Sam）来处理它。现在我想询问是否有可能在此文件中为标记添加标签？

我用

    my $iterator     = $bam->features(-iterator => 1,
                                      -flags    => {M_UNMAPPED=>0});

    while (my $align = $iterator->next_seq) { 
        ...
    }

循环对齐的读取。现在我正在寻找像

这样的人

    $align->addTag(key=>value)

再见

Answer 1

BedTools有一种注释名为TagBam的BAM文件的方法

http://biostar.stackexchange.com/questions/9552/basic-bam-file-annotation

https://github.com/arq5x/bedtools

Answer 2

简短回答，不。

有可能对原始SAM执行此操作，然后将其转换回BAM。我最近一直在为BAM写一个C ++ api，并且自己也遇到过这个问题。问题是表示此信息的底层c结构都是紧密字节打包并占用特定数量的内存。有时他们可能会比他们需要的多一点，但有时候他们的数量恰到好处。在大多数情况下，添加到这些结构会超过它们的可用内存。

所以，如果我是你，我会写出一个新的SAM文件，其中包含你的附加标签，并使用samtools将其转换为BAM

将标签添加到bioperl DB :: SAM / BAM

2 个答案: