Perl Bio :: DB :: Sam在调用get_features_by_id（）时崩溃

Question

我在Centos7环境中使用Bio :: DB :: Sam，使用版本0.1.17的samtools。我正在使用此过程来执行我的安装：

wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/samtools-0.1.17.tar.bz2
tar xjf samtools-0.1.17.tar.bz2 && cd samtools-0.1.17
make CFLAGS=-fPIC
export SAMTOOLS=`pwd`
cpanm Bio::DB::Sam

我发现here（注意我改变了samtools的版本）

崩溃间歇性地发生，有时在相同的输入文件上。我的一般程序如下：

1. 使用bowtie从.fastq文件生成.sam文件，使用自定义领结索引
2. 使用samtools将.sam转换为.bam，沿途对文件进行排序和索引
3. 发出以下Perl命令：

的Perl：

my $sortbam = align_and_sort_and_index($reads_file);   # steps 1 and 2
my @all_gene_ids = qw(gene_id1 gene_id2 gene_id3);   # really lots more
for (my $worker=0; $worker <= $n_threads; $worker++) {
    my $pid = fork;
    die "fork error: $!" unless defined $pid;
    next if $pid;     # parent
    my @gene_ids = get_unique_subset(@all_gene_ids, $worker);
    my $sam = Bio::DB::Sam->new(-bam=>$sortbam, -fasta=>$ampl_seqfile, -autoindex=>0);
    foreach my $gene_id (@gene_ids) {
        # THIS NEXT LINE IS THE ONE THAT SEGFAULTS (SOMETIMES):
        my @alignments = $sam->get_features_by_location(-seq_id => $gene_id);
        # do something interesting with @alignments...
    }
    exit;
}

while ((my $pid=wait()) != -1) {
    print "reaped $pid\n";
}

迄今为止，我尝试过以下方法：

1. 增加允许打开的文件数（ulimit -n）
2. 增加允许的子进程数
3. 增加管道缓冲区的限制
4. 增加交换空间

任何和所有建议都将不胜感激。谢谢！