Question

我一直在使用Bio::DB::EntrezGene中的BioPerl模块来检索给定数字ID的Entrez基因名称。

这种情况好几个月，最近两周前。但是，最近它只返回一个错误。

对我来说最奇怪的是，即使我只是从文档中运行示例代码，也会发生这种情况。例如，如果我运行它：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EntrezGene;

my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;

my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids
    while ( my $seq = $seqio->next_seq ) {
            print "id is ", $seq->display_id, "\n";
    }

exit;

我明白了：

Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.
UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!
first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:
::= {
  {
    track-
 at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171

如果有人对可能发生的事情以及如何解决问题有任何想法，我们将非常感激。谢谢！

Answer 1

您似乎在此模块所依赖的数据中出错。这个文件夹里有什么？

/var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!

它是如何产生的？

<强>更新

您可能很高兴知道我也遇到了同样的错误。数据从Internet下载，源已损坏。我不知道告诉你联系谁，但这就是故障所在。

BioPerl模块Bio :: DB :: EntrezGene不再工作

1 个答案: