Bio :: DB :: Fasta，不能调用方法＆＃34; index_file＆＃34;在script.pl行的未定义值

Question

我想重新加载perl中的索引前文件，该文件先前已编入索引如下：

./first_script.pl hg19.fa

use Bio::DB::Fasta;

my $db = Bio::DB::Fasta->new($file_fasta);

...

在另一个脚本中我想重新加载现有的索引文件。

./ script.pl hg19.fa.index input

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

use Bio::DB::Fasta;

my $fasta_index_file = $ARGV[0];
my $input_file = $ARGV[1];

open(FH,"<$input_file");

my $db->index_file($fasta_index_file);

在描述中是syas

 Title   : index_file
Usage   : $db->index_file($filename)
Function: (re)loads a sequence file and indexes sequences offsets in the file
Returns : seq offsets in the file
Args    : filename,
           boolean to force reloading a file

但它返回以下错误：

Can't call method "index_file" on an undefined value at script.pl line

如果我再次使用，请在第二个脚本中

：

my $db = Bio::DB::Fasta->new($file_fasta);

它立即进入下一步！这是否意味着它已经意识到它存在？

Answer 1

您没有在第二个脚本中的任何位置定义$db。

通常情况下，use strict;会发现这一点，应该是您排查故障的第一步。