如何使用htslib / samtools转换SAM / BAM读取？

Question

我使用htslib库来读取SAM / BAM文件，它完美无缺。我也可以将对齐写回新的SAM / BAM文件。

例如，以下代码打印对齐的DNA序列：

    bam1_t *b = ...;
    int i;
    for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) {
        printf("%c", seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(b),i)]);
    }

问题：如何更改查询序列？比如说，将第一个字母更改为＆＃39; T＆＃39;？ bam_get_seq返回读取的序列，但没有bam_set_seq函数？理想情况下，我正在寻找类似的东西：

 bam_set_seq(b, 'TTTT') # My new DNA sequence

如果我能弄清楚如何进行更新，我知道如何将信息写入新的SAM / BAM文件。