Question

我想首先说任何帮助都非常感谢。我是Python和脚本的新手。我正在尝试使用一个名为samtools view的程序将文件从.sam转换为.bam我需要能够执行这个BASH命令在Python中执行的操作：

samtools view -bS aln.sam > aln.bam

我理解BASH命令就像| ＆GT; ＆LT;使用Python中的子进程stdin，stdout和stderr完成。我尝试了一些不同的方法，仍然无法正确转换我的BASH脚本。我试过了：

cmd = subprocess.call(["samtools view","-bS"], stdin=open(aln.sam,'r'), stdout=open(aln.bam,'w'), shell=True)

和

from subprocess import Popen

with open(SAMPLE+ "."+ TARGET+ ".sam",'wb',0) as input_file:
    with open(SAMPLE+ "."+ TARGET+ ".bam",'wb',0) as output_file: 
        cmd = Popen([Dir+ "samtools-1.1/samtools view",'-bS'],
            stdin=(input_file), stdout=(output_file), shell=True)

在Python中

我仍然没有获得将.sam转换为.bam文件的samtools。我究竟做错了什么？

Answer 1

Abukamel是对的，但如果你（或其他人）想知道你的具体例子......

你第一次尝试并不是太远了，只是一些小项目：

文件名应在引号中
samtools从命名输入文件读取，而不是从stdin
你不需要＆＃34; shell = True＆＃34;因为你没有使用像重定向那样的shell技巧

所以你可以这样做：

import subprocess
subprocess.call(["samtools", "view", "-bS", "aln.sam"],
                stdout=open('aln.bam','w'))

您的第二个示例或多或少存在相同的问题，因此需要更改为：

from subprocess import Popen
with open('aln.bam', 'wb',0) as output_file: 
    cmd = Popen(["samtools", "view",'-bS','aln.sam'],
                stdout=(output_file))

Answer 2

您可以通过kwarg'hell = True'

将执行传递给shell

subprocess.call('samtools view -bS aln.sam > aln.bam', shell=True)

使用python子进程将文件从.sam转换为.bam

2 个答案: