DESeq2可以在Bray-curtis，PCoA和PERMANOVA代码之前转换数据

Question

Bacteria species found in control (column 1-3) and patients with cirrhosis (column 4-6)

我使用了DESeq2程序的功能来转换数据，然后将其可视化到下游，以查看事先是否存在重大差异（Bray-curtis）。然后，我需要绘制PCoA，然后执行PERMANOVA。以下是我的代码和错误；

负载meta骨物种

 `species_met <- read.csv("species.table1.csv", row.names=1)`

标准化

`totalspecies_met = colSums(species_met)`
`species_metNormTab = sweep(species_met, MARGIN=2, totalspecies_met/10^9, FUN="/")`

布雷·科蒂斯

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
     install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")

DF = data.frame(id=colnames(species_metNormTab),type=rep(c("ctrl","disease"),each=3))

dds = DESeqDataSetFromMatrix(species_metNormTab,DF,~type)`

1）错误消息不断出现； DESeqDataSet中的错误（se，design = design，ignoreRank）：   测定中的某些值不是整数

请您帮助纠正此问题吗？

然后，我需要为Bray-curtis运行以下代码行：

vsd <- varianceStabilizingTransformation(dds, blind=TRUE)

vegDistOut=vegdist(t(assay(vsd),"bray")

绘制PCoA

计算PCoA轴值：

pcoaOut=pcoa(vegDistOut)

计算每个轴的解释方差

varExplained = pcoaOut$values$Relative_eig * 100

varExplained = round(varExplained, digits = 1)

2）请您协助编写代码为对照患者和肝硬化患者增色？ -我是否需要指定哪些列较早被控制和感染？如何？

3）我也不确定如何使用adonis编写PERMANOVA的代码！ 我在网上找到的基本结构是：

adonis(VegDistOut, data, permutations = 999, method = "bray", strata = NULL, contr.unordered = "contr.sum",contr.ordered = "contr.poly", ...)

很抱歉，我对R的基础知识或错误知识非常了解，我是一个初学者！