如何绘制具有bray-curtis相似值的椭圆？

Question

我想进行nMDS分析，我想在图形中添加表示bray-curtis相似性百分比的椭圆，但是我不知道如何用R来做，这种图形可以用PRIMER，但我也想用R。 我该怎么办？

我希望我的图形看起来像这样： graph

Answer 1

我从未使用过PRIMER，也不知道应该如何绘制这些图形，但是我必须从您发布的图形中进行猜测。可能是您首先获得了一个群集树状图（函数hclust），然后将其切成树高（函数cutree），然后为它们绘制了封闭的椭圆（vegan::ordiellipse(..., kind = "ehull")）。如果是这样，这应该可以解决问题：

library(vegan)
data(BCI)
d <- vegdist(BCI)
ord <- metaMDS(d, trace=FALSE)
cl <- hclust(d, "average") # using average linkage
plot(cl, hang=-1)
rect.hclust(cl, h=0.4, border="red") # to see the clusters
rect.hclust(cl, h=0.5, border="cyan")
rect.hclust(cl, h=0.6, border="blue")
plot(ord) # then ordination & enclosing ellipses
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.4), kind="ehull", col="red", lwd=2)
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.5), kind="ehull", col="cyan", lwd=2)
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.6), kind="ehull", col="blue", lwd=2)

我调整了当前树状图的限制。 ordiellipse会为您提供关于每个单项类的错误消息，但是它们是无害的（我必须从中清除函数）。