我正在尝试使用群集配置在python脚本中运行xargs: .docx: No such file or directory，其中sankemake是我的输出结果之一：
myoutput/output.txt我遇到此错误：
cluster = """ "qsub -A {cluster.account} -l walltime={cluster.time} -q {cluster.queue} -l nodes=1:ppn={cluster.nCPUs} -l mem={cluster.memory}" """
subprocess.run(['snakemake', '-p', "myoutput/output.txt", '-j 200', '--cluster-config', cluster_config, '--cluster', cluster])
我看到该蛇形要提交到/bin/sh: qsub -A proj_A -l walltime=72:00:00 -q analysis -l nodes=1:ppn=20,mem=30G: command not found
实际位于/bin/sh中的qsub。
任何想法如何解决它还是有更好的实施方案？
谢谢
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因此，我认为我需要根据文档建议将双引号的群集传递到--cluster标志，以便使用。
cluster = """ "qsub -A {cluster.account} -l walltime={cluster.time} -q {cluster.queue} -l nodes=1:ppn={cluster.nCPUs} -l mem={cluster.memory}" """
但实际上，当我以这种方式使用时，会导致错误：
cluster = "qsub -A {cluster.account} -l walltime={cluster.time} -q {cluster.queue} -l nodes=1:ppn={cluster.nCPUs} -l mem={cluster.memory}"
它应该运行。