Question

我已经在snakemake中创建了一个工作流程，当我只想运行一条规则时遇到了一个问题。确实，对于我来说，它运行的是规则，其中输出是规则的输入，即使之前已经创建过这些规则。

示例：

rule A:
 input A
 output A

rule b:
 input b = output A
 output b

rule c:
 input c = output b
 output c

如何仅运行规则C？

Answer 1

如果存在依赖关系，我发现如果要运行规则C，只需运行--until，只有snakemake -R --until c可以工作。如果假设存在依赖性，例如共享的输入或输出路径，它将迫使您运行上游规则，而无需使用--until。总是先运行-n进行空运行。

Answer 2

您刚刚运行：

snakemake -R b

要提前查看此操作，

snakemake -R b -n

-R选择一个规则（以及它的所有相关规则！），-n执行“空运行”，它只是打印不使用-n会执行的操作。

Answer 3

您可以使用--allowed-rules选项。

snakemake --allowed-rules c

如果上游规则的输出文件已更改（包括是否已重新创建但内容已包含在内），Snakemake将尝试重新运行由输入/输出链链接到下游规则的上游规则。没有改变）。这种行为使Snakemake具有可重现性，但是如果您要调试管道的特定部分并且不想运行所有中间步骤，则可能不希望这样做。