如何确定“错误”中失败的规则?

时间:2019-03-08 22:13:28

标签: snakemake

我正在使用snakemake进行某种自动化,并遇到了一个问题,即当调用“ onerror”时确定哪个规则失败。

我尝试遍历规则以确定哪些输出不存在,但是规则的顺序不正确。

这是我在onerror中使用的代码:

#find out which rule failed
failed_rule = None

for rulename in dir(rules):
    rule = getattr(rules,rulename)
    if hasattr(rule,'output'):
        output = getattr(rule,'output')

        print ('rule: ',rulename, output)

        #check if output file exists
        if output and (not os.path.exists(str(output))):
            failed_rule = rule
            print ('Failed rule is ', rulename)
            break

预先感谢

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