Question

我正在使用snakemake对我的工作流程进行编程。为了重用代码，最简单的方法是使用语句 include: "path/to/other/Snakefile"

这在大多数情况下都可以正常使用，但是在通过report()函数创建报告时失败。问题在于它找不到为字幕指定的.rst文件。

因此，似乎report（）具有另一个Snakefile所在的工作目录，而不是主Snakefile之一。

是否有灵活的解决方法，以便它的行为就像被加载到Snakefile中一样，然后像在主Snakefile中一样被执行？

这是另一个Snakemake文件中的示例规则：

rule evaluation:
    input:
        "data/final_feature.model"
    output:
        report("data/results.txt",caption="report/evaluation.rst",category ="Evaluation")
    shell:
        "Rscript {scripts}/evaluation.R {input}"

这通过以下方式包含在主Snakefile中：

include: "../General/subworkflows/evaluation.snakemake"

这是表明文件不存在的错误消息：

WorkflowError:
Error loading caption file of output marked for report.
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '.../workflows/General/subworkflows/report/evaluation.rst'

谢谢您的帮助！

Answer 1

一个选项可能是使用os.path.abspath()将相对路径扩展为绝对路径。如果路径相对于Snakefile所在的目录，则可能需要使用workflow.basedir，其中包含Snakefile的路径。例如：

caption= os.path.join(workflow.basedir, "report/evaluation.rst")

在蛇形make中将include用于使用report（）函数的规则时的工作目录

1 个答案: