在Snakemake HTML报告中包含参数和源代码

Question

我想在我的html报告中包括shell命令以及snakemake规则的外部脚本的源代码（我看到人们在RULE序列表中有那些）。

下面的示例是文档中“基本示例”的一部分。 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/basics.html

rule bcftools_call:  
    input:  
         fa="data/genome.fa",  
         bam=expand("sorted_reads/{sample}.bam", sample=SAMPLES),  
         bai=expand("sorted_reads/{sample}.bam.bai", sample=SAMPLES)  
     output:  
         "calls/all.vcf"  
     shell:  
         "samtools mpileup -g -f {input.fa} {input.bam} | "  
         "bcftools call -mv - > {output}"  


rule plot_quals:  
    input:  
        "calls/all.vcf"  
    output:  
        report("plots/quals.svg", caption="report/quals.rst")  
    script:  
        "scripts/plot-quals.py"  

该报告应包含

之类的内容

    "samtools mpileup -g -f {input.fa} {input.bam} | "
    "bcftools call -mv - > {output}"

以及“ plot-quals.py”的代码

我该如何完成呢？