如何使用纯素食包将原始行名放入cca图中?

时间:2019-07-15 17:44:49

标签: r

我来自德国,目前正在攻读学士学位论文(我是R的新手)。在我的PCA和CCA图中,我有行号(“站点”)而不是原始行名(样条的名称)。我知道这是我的错误,因为我无法在我的cca数据中放入横断面的名称(因为每一列都必须是数字)。

我已经用不大于0的数字和行总数“删除”了我数据的所有列。我的样例的名称为dat [,2]。 如何导入行名dat [,2]?

#### CCA:
dat <- read.table("Zählungen.txt", header=T, sep = "\t")

library(vegan)

dat.row <- with(dat, dat[rowSums(dat[,17:49]) > 0, ]) 
env <- dat.row[,-c(1:7,9,10,17:49, 50,51,52)]
spe <- dat.row[,17:49]

cca <- cca(X = spe, Y= env) 
plot(cca, type="text", choices= c(1,2))

##### Or also PCA: 

fam <- read.table("Tagfalterfamilien.txt", header=T, sep = "\t")

pca.fam <- prcomp(fam[,-c(1,8,9)]) #fam[,1] would be my desired rownames

biplot(pca.fam)

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