Question

我在不具有root特权的高性能群集上有一个私有组项目文件夹（我们叫它query_job.query）。该文件夹位于单独的分区中。
我有一个用于访问data_dir的奇异容器。正式的documentation says data_dir标志是绑定路径，但是我无法使用-B访问容器内的文件夹。这是我到目前为止尝试过的：

-B

如何使用容器访问XXXXXX  login1[~/work/subcam] master ⦿ ➜ readlink data /gpfs/projects/oceanvideo/data XXXXXX  login1[~/work/subcam] master ⦿ ➜ singularity run -B $(readlink data):$(pwd)/data container.sif WARNING: skipping mount of /local_scratch: no such file or directory ________ _______________ ___ __/__________________________________ ____/__ /________ __ __ / _ _ \_ __ \_ ___/ __ \_ ___/_ /_ __ /_ __ \_ | /| / / _ / / __/ / / /(__ )/ /_/ / / _ __/ _ / / /_/ /_ |/ |/ / /_/ \___//_/ /_//____/ \____//_/ /_/ /_/ \____/____/|__/ You are running this container as user with ID 21530 and group 21500, which should map to the ID and group for your user on the Docker host. Great! tf-docker ~/work/subcam > cd data bash: cd: data: No such file or directory tf-docker ~/work/subcam > cd /gpfs/ tf-docker /gpfs > ls work tf-docker /gpfs > cd projects bash: cd: projects: No such file or directory？

Answer 1

-B是在容器中装载目录的正确方法。一些选择：

如果/gpfs/projects/oceanvideo/data本身是一个符号链接，它将不会在容器内部解析并给出该错误代码。 readlink将仅解决单个级别。找到原始的非链接路径，并将其与-B一起使用。
如果不是这种情况，请使用singularity -vv run ...运行，以查看是否有更多有关为何不装载目录的信息。
确保the cluster allows user binds

奇异容器-将文件夹绑定到单独的分区中

1 个答案: