Question

我对容器空间很陌生，在完成了一些教程之后，我试图启动并运行自己的奇异容器。

我的食谱如下：

BootStrap: debootstrap
OSVersion: trusty
MirrorURL: http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/

%post
    #install strelka2.9.2 - these commands get run during the container build stage
    apt-get -y --force-yes install wget bzip2 python-dev
    wget https://github.com/Illumina/strelka/releases/download/v2.9.2/strelka-2.9.2.centos6_x86_64.tar.bz2
    tar xvjf strelka-2.9.2.centos6_x86_64.tar.bz2

%environment
    #What to put here to find the strelka-2.9.2.centos6_x86_64/bin/ folder?

我试图弄清楚如何将下载的二进制文件添加到可执行路径。我希望帖子部分中的下载文件会显示在/ home /或类似的容器内部，但是当我用singularity shell myImage.simg插入时似乎找不到它们。

Answer 1

默认情况下，容器中使用的PATH是您从其运行环境的PATH。设置一条简单的方法来确保您想要的路径是：PATH=/path/to/strelka/bin:$PATH下的%environment。

一个简单的定义文件，您可以快速使用它：

Bootstrap: docker
From: debian:buster-slim

%environment
    PATH=/some/weird/path/bin:$PATH

%runscript
    echo "PATH is: $PATH"

奇异容器中的默认路径

1 个答案: