Question

我正在尝试构建一个安装了nextflow的奇异容器。完成构建后，我将其安装在目录中，并将其安装为ROOT。当我尝试运行容器时，由于我不是root用户，因此失败。我查看了最佳做法，并显示以下内容：

始终将软件包，程序，数据和文件安装到操作系统位置（例如，不是/ home，/ tmp或其他可能经常绑定的目录）。

我的def文件：

BootStrap: yum
OSVersion: 7
MirrorURL: http://mirror.centos.org/centos-%{OSVERSION}/%{OSVERSION}/os/$basearch/
Include: yum

%post
    yum -y install java-1.8.0-openjdk-headless
    yum -y install wget
    yum -y install which

    mkdir /s2fast
    cd /s2fast
    wget -qO- https://get.nextflow.io | bash

%runscript
    exec /s2fast/nextflow

运行它使我“权限被拒绝” 我正在执行奇点3.4.0-1

不确定我是否应该使用绑定路径，覆盖图或其他东西？

Answer 1

如果您的容器仅需要Nextflow，我是否建议使用quay.io中的Nextflow生物容器？

singularity pull docker://quay.io/biocontainers/nextflow:19.07.0--hecc5488_0

如果您需要与Nextflow一起安装其他应用程序，通常会将其安装到/usr/local/bin中。但是，使用自定义目录路径（如您所做的）并没有错。无论如何，您都需要确保这些应用具有必要的权限。只需将chmod 755 /s2fast/nextflow添加到您的%post部分。同时删除您的%runscript部分。除非需要处理命令行参数，否则通常不需要它。

使用nextflow创建奇异容器

1 个答案: