我在Nextflow中有一个进程,其中有来自Channel.FromPath()的多个输入文件。
这是我的脚本:
params.queries = ""
queries = Channel.fromPath(params.queries) #path to multiple .fasta files
process PsiBlast {
input:
file query from queries_psiblast
output:
file top_hits
"""
blastpgp -d $db -i $query -j 2 -C ff.chd.ckp -Q pssm.out >> top_hits
"""
}
#then there are others processes, not needed for my question.
我想知道的是我的过程是否并行化?例如,是否同时在两个文件上运行?还是我需要在脚本中指定它?
我阅读了文档,但未指定。而且我不知道如何测试。
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是的,如果有足够的cpus / mem来执行并行执行,则Nextflow进程将隐式并行化。