在Nextflow中,是否将带有channel.fromPath的进程并行化?

时间:2018-11-13 22:02:53

标签: nextflow

我在Nextflow中有一个进程,其中有来自Channel.FromPath()的多个输入文件。

这是我的脚本:

params.queries = ""
queries = Channel.fromPath(params.queries) #path to multiple .fasta files

process PsiBlast {

input:
file query from queries_psiblast

output:
file top_hits

"""
blastpgp -d $db -i $query -j 2 -C ff.chd.ckp -Q pssm.out >> top_hits
"""
}

#then there are others processes, not needed for my question. 

我想知道的是我的过程是否并行化?例如,是否同时在两个文件上运行?还是我需要在脚本中指定它?

我阅读了文档,但未指定。而且我不知道如何测试。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

是的,如果有足够的cpus / mem来执行并行执行,则Nextflow进程将隐式并行化。