Nextflow：输入文件是空的吗？

Question

这确实是一个Nextflow问题。我有一个生成许多文件的进程，有些文件是空的。我需要检测哪些，下一个进程应该跳过处理它们。看起来很简单，但代码：

process demuxByPrimers {
    publishDir params.outdir

    input:
    file productFile from products

    output:
    file 'ITS*.fastq' into primers mode flatten

    when: 
    productFile.size() > 0

    script:
    println "Processing ${productFile}"
}

效果不佳。工作目录中的输入文件是符号链接，因此它们不是空的...有关如何跳过处理空文件的任何想法？

Answer 1

另一种方法是在products频道上应用过滤器，例如

process demuxByPrimers {
  publishDir params.outdir

  input:
  file productFile from products.filter{ it.size()>0 }

  output:
  file 'ITS*.fastq' into primers mode flatten

  script:
  println "Processing ${productFile}"
}