如何指示nextlow在哪里输出？

Question

我在python中有一个脚本，可以将文件保存在特定目录中。

例如，此代码名为“ write.py”：

with open("project/results/txt/output.txt", "w") as f:
    f.write("this is a txt file")

所以我在“ project / src”中执行脚本，此脚本的输出在“ project / results / txt /”中。

以下是“ project /”中的脚本Nextflow的示例：

process writeTxt{
    output:
    file "output.txt"

    """
    python3 ../../../src/write.py 
    """
}

“ ../../../” ==>退出工作目录

但是nextflow返回它没有找到“ projet / results / txt / output.txt”。

那么如何向Nextflow指示脚本的输出在哪里呢？

Answer 1

这是反模式。 Nextflow任务应在任务执行目录中产生和使用文件。如果此类输出文件是由上游任务生成的，则必须将其声明为任务输出，以使其在任务工作目录中可访问。