使用SeqIO从Ab1转换为fastq时得到错误的质量

时间:2019-07-01 11:39:17

标签: python biopython

im使用Biopython包中的SeqIO将ab1文件转换为fastq文件,并且其中一些文件的得分错误。 实际上只有一个分数(“!”)

SeqIO.convert('filename'+'.ab1', "abi", 'filename'+".fastq", "fastq")

结果示例:

  

@文件名   GAACNGNCGCTGCCTATACTGCAAGTCGAGCGGACAGTAAGGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGT   + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

该转换在任何程序中均不起作用,因此问题似乎出在文件本身中。

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