Question

我有一个fasta文件，其中包含数百条记录，但是我试图返回仅包含前20条记录（记录描述，AA长度和名称）的表。

我的代码无法正常工作，我想知道如何仅返回前20条记录-最好以表格格式返回。

这是我的python代码：

#!/usr/local/bin/python3
import cgi
import re
form = cgi.FieldStorage()
from Bio import SeqIO
for index, record in enumerate(SeqIO.parse("e_coli_k12_dh10b.faa", "fasta")): print(record.description, len(record.seq))

Answer 1

有很多方法可以做到这一点。与您当前的结构最相似的是，当索引达到19（从计数开始于0开始的第20个数字）时，添加一个break：

from Bio import SeqIO

for index, record in enumerate(SeqIO.parse("e_coli_k12_dh10b.faa", "fasta")): 
    print(record.description, len(record.seq))
    if index == 19:
        break

但是，我更喜欢使用样式方式是使用itertools.islice：

from itertools import islice
from Bio import SeqIO

records = SeqIO.parse("e_coli_k12_dh10b.faa", "fasta")

for record in islice(records, 20):
    print(record.description, len(record.seq))

如果要存储表，可以将描述和长度插入到所选择的列表，数组或其他数据结构中，而不用进行打印。

如何使用Biopython中的SeqIO打印前几条记录

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