Biopython打印命令只打印解析的前25条记录,我想查看全部

时间:2015-11-13 04:01:00

标签: parsing biopython

我正在使用Biopython解析多个fasta文件。 “print”命令显示屏幕上的前25条记录,但我知道该文件包含更多记录。我想看到他们。 25是默认限制吗?如何指示Biopython显示所有记录?

我为之前不包含该代码而道歉。我使用的是Python 2.7.9,Biopython 1.66和Numpy 1.9.1。

首先,我只计算了多少条记录。

from Bio import SeqIO
filename = "myFileNameHere.fasta"
count = 0
for record in SeqIO.parse(filename, "fasta"):
    count = count + 1

print "there are " + str(count) + " records"

以这种方式结构化,它打印出文件中有50条记录。

但是如果我把print语句 - print str(count) - 放在循环中,它会在屏幕上打印一个从1到25的系列,如此 1
2
3
4



24个
25

如果文件中有50条记录,为什么它会在25处停止?

接下来我要求查看id和长度。

for record in SeqIO.parse(filename, "fasta"):
    print "record " + record.id + ", length " + str(len(record.seq))

它打印信息,但只打印25条记录。所以我想,嗯,每次我要求显示器时只显示25个?默认限制为25?

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