在R中将FASTQ ASCII转换为十进制和十六进制

Question

我有一个FASTQ质量得分，它以一系列ASCII字符表示。在这种情况下（可能），ASCII字符64到126表示0到62的分数（假设它是Illumina ）。这产生了潜在的序列：

  

feffefdfbefdfffcfdeTddaYddffbfcI``S_KKX _]] MR [D_TY [VTVXQ]`Q_BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB

如何提取ASCII字符的数量？

谢谢 圣

编辑： 该序列表示由碱基构成的生物学序列的质量（来自核酸中的碱基对，意指字符（ATGC））。基本质量是phred-scaled基本错误概率，等于-10 log10 Pr {base错误}。

Answer 1

好吧，正如马雷克所说：你可能会发现在Bioconductor中转换Illumina质量得分的功能。您可以在biostar.stackexchange.com询问。

使用基本功能，您可以使用charToRaw()：

> x <- "feeffdbefc`\\KKX]_BBBB"
> charToRaw(x)
 [1] 66 65 65 66 66 64 62 65 66 63 60 5c 4b 4b 58 5d 5f 42 42 42 42
> as.numeric(charToRaw(x))
 [1] 102 101 101 102 102 100  98 101 102  99  96  92  75  75  88  93  95  66  66  66  66
> as.character(charToRaw(x))
 [1] "66" "65" "65" "66" "66" "64" "62" "65" "66" "63" "60" "5c" "4b" "4b" "58" "5d" "5f" "42" "42" "42" "42"

请注意，你必须逃避反斜杠，否则你会遇到麻烦。这取决于您读取数据的方式等等。