如何计算R中的组质心之间的距离(紧随纯素食主义者的β分散体之后)?

时间:2019-06-26 13:39:32

标签: r

我想知道R中用于计算组质心之间距离的正确代码是什么?我在使用Bray-Curtis相异性的相异性矩阵上的纯素食主义者中使用了β分散函数,该函数给出了组内质心的平均距离,但是现在我想计算这两个质心之间的差。

我已经在package usedist中尝试过dist_between_centroids函数

data(iris)
dist.iris<-vegdist(iris[,1:4],method = "bray") #calculate Bray-Curtis dissim
dist.iris

#avg distance to group centroids
permdisp<-betadisper(dist.iris,iris$Species,type="centroid")
permdisp


library(usedist)
dist_between_centroids(dist.iris,1:50, 51:100) #1:50 = group setosa, 51:100 = group versicolor

因此,setosa组到质心的平均距离为0.04,versicolor组也为0.04。对于setosa和杂色的组质心之间的距离,我得到0.22的输出。这是setosa质心和versicolor质心之间的正确距离,还是我错过了什么?

谢谢!

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