betadispersion（dissimilarity_matrix〜Group）中的错误：距离“ d”必须是“ dist”对象

Question

当我尝试对我的相异矩阵进行贝塔离散时，出现标题中的错误。当查看我的环境时，它会清楚地显示“ dist”。

as.dist（）没有帮助

#fhf is a phyloseq object

veganotu = function(physeq) {
    require("vegan")
    OTU = otu_table(physeq)
    if (taxa_are_rows(OTU)) {
        OTU = t(OTU)
    }
    return(as(OTU, "matrix"))
}

Group <- sample_names(fhf)
dissimilarity_matrix <- vegdist(veganotu(fhf), method="bray")
homogen <- betadisper(dissimilarity_matrix ~ Group)
anova(homogen)

我希望结果与此类似，但具有其他值：

方差表分析

响应：距离           Df Sum Sq平均Sq F值Pr（> F） 5组0.021037 0.0042074 1.5524 0.252 残渣11 0.029813 0.0027103

错误消息：

betadisper（不相似矩阵〜组）中的错误：   距离“ d”必须是“ dist”对象

Answer 1

betadisper不接受公式。您必须写betadisper(dissimilarity_matrix, Group)。