基于部分距离的RDA - Centroids从Plot中消失

Question

我正在尝试使用field.ID来填充部分db-RDA以校正样本的重复测量字符。但是包括条件（field.ID）会导致图中主要因子的质心消失（左下图）。

设计：连续两年对物种数据进行了12次重复采样。此外，每年从参考领域抽取3个样本。由于以前的油田不可用，这三个油田在第二年已经改变。 此外，还对一些环境变量进行了采样（氮，土壤湿度，温度）。每个字段都有一个标识符（field.ID）。 使用field.ID作为Condition似乎错误地删除了F1因子。但是，使用采样活动（SC）作为条件不会。后者是纠正部分db-RDA中重复测量的严格方法吗？

set.seed（1234）

df.exp <- data.frame(field.ID = factor(c(1:12,13,14,15,1:12,16,17,18)),
                     SC = factor(rep(c(1,2), each=15)),
                     F1 = factor(rep(rep(c("A","B","C","D","E"),each=3),2)),
                     Nitrogen  = rnorm(30,mean=0.16, sd=0.07),
                     Temp  = rnorm(30,mean=13.5, sd=3.9),
                     Moist  = rnorm(30,mean=19.4, sd=5.8))

df.rsp <- data.frame(Spec1 = rpois(30, 5),
                     Spec2 = rpois(30,1),
                     Spec3 = rpois(30,4.5),
                     Spec4 = rpois(30,3),
                     Spec5 = rpois(30,7),
                     Spec6 = rpois(30,7),
                     Spec7 = rpois(30,5))

data=cbind(df.exp, df.rsp)                  



dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(SC), df.exp); ordiplot(dbRDA)
dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(field.ID), df.exp); ordiplot(dbRDA)

Answer 1

由于ID而导致变异，然后您尝试向此ID解释变量别名，但它已经被分开了。印刷输出的关键是：

Some constraints were aliased because they were collinear (redundant)

事实上，当你要求细节时，你会得到

> alias(dbRDA, names=TRUE)
[1] "F1B" "F1C" "F1D" "F1E"

F1?变量在ID范围内保持不变，已经被分开了，没有什么可以解释的。