R中RDA图的问题

Question

我是使用R进行多变量分析的新手。我正在尝试获得描述我的物种丰富度和环境数据之间关系的RDA图。我有6个环境变量。但是当我获得该情节时，我只能看到两个仅代表两个变量的向量。我使用的命令如下。

data <- read.csv("all_data.csv",h=T); 
library(vegan)
sp1 <- data[,c("Sample","Acidobacteria","Actinobacteria","Aquificae","Bacteroidetes")];
env1 <- data[,c("Nitrogen","TOC","Phosphate","Sand","Silt","Clay")];
myrda <- rda(sp1,env1)
plot(myrda,scaling=2)

有人请帮我解决这个问题。我希望在我的RDA图中看到所有6个环境参数。

Answer 1

以下是使用素食主义者的示例数据varespec和varechem的示例。 rda模型的图自动显示所有14个环境变量：

library(vegan)
data(varespec)
data(varechem)
myrda <- rda(varespec, varechem)
myrda
colnames(varechem) # 14 variables
plot(myrda,scaling=2) # 14 vectors shown

也许仔细检查一下你的data.frames是否正确包含变量名称，以便情节知道抓取标签的位置。我还要确保您的数据拆分工作正常 - 我不认为您的方法将始终有效。这是一个可能的替代方案：

sp.incl <- match(c("Sample","Acidobacteria","Actinobacteria","Aquificae","Bacteroidetes"), colnames(data))
sp1 <- data[,sp.incl]

env.incl <- match(c("Nitrogen","TOC","Phosphate","Sand","Silt","Clay"), colnames(data))
env1 <- data[,env.incl]