RDA可视化-根据RDA1绘制物种丰富度

Question

我对87个样地进行了采样，确定了总共9种worm。我的目的是调查我的站点（在87个样地中采样）的物种丰富度和丰度变化（已知受到污染（主要由Cu，Zn和Pb污染），但我还考虑了PCA提取的2种土壤环境的综合量度）。

为此，我执行了RDA（物种数据经过了hellinger转换）：

rda(formula = species.hel ~ Cu + Zn + Pb + PCA_axis1 + PCA_axis2, data = env)

该模型很重要，我的研究污染物确实对物种群落有影响，我的解释变量所解释的方差达到37％。到目前为止一切都还好，只是现在，我想绘制出RDA1如何改变单个物种的丰度，例如在Oksanen在线课程（http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/ordination101.html#33）中：

如果我对RDA如何进行的理解是正确的，那么我应该从RDA对象中潜在地提取（非）线性物种对环境变量的响应，并为每个物种建立一个模型。但是，在RDA的摘要对象中，我无法确定要提取的数据。你们当中有人建议我将非常感激。

Answer 1

该讲座的源代码可在github中找到。只需查找产生上面显示的图形的代码，然后将模型的cca()更改为rda并运行代码。但是，期望得到的响应是 linear （您对线性响应的期望是非标准的）。