Question

我正在尝试重现FactoMineR::PCA中的vegan::rda，vegan} contribution percentages to axes from the FactoMineR包中的“变量”列。贡献以FactoMiner::PCA个对象编码：

library(FactoMineR)
library(vegan)

data(dune)

fm <- FactoMineR::PCA(dune, scale.unit = FALSE, graph = FALSE)

head(round(sort(fm$var$contrib[,1], decreasing = TRUE), 3))
# Lolipere Agrostol Eleopalu Planlanc  Poaprat  Poatriv 
#  17.990   16.020   13.866    7.088    6.861    4.850

通过查看FactoMiner::PCA的代码，我发现贡献的计算方形轴坐标除以轴特征值并乘以100％：

head(round(sort(100*fm$var$coord[,1]^2/fm$eig[1], decreasing = TRUE), 3))
# Lolipere Agrostol Eleopalu Planlanc  Poaprat  Poatriv 
#  17.990   16.020   13.866    7.088    6.861    4.850

我无法使用vegan::rda对象复制上述计算：

vg <- rda(dune)

head(round(sort(100*scores(vg, choices = 1, display = "sp", 
scaling = 0)[,1]^2/vg$CA$eig[1], decreasing = TRUE), 3))
# Lolipere Agrostol Eleopalu Planlanc  Poaprat  Poatriv 
#   0.726    0.646    0.559    0.286    0.277    0.196

我显然做错了，差异可能是由于这两个包计算列坐标的区别，因为轴的特征值非常相似（我的实际数据集相同），但坐标不是：< / p>

# vegan eigenvalue for axis 1
vg$CA$eig[1]
#     PC1 
# 24.79532 

# FactoMineR eigenvalue for axis 1
fm$eig[1]
# [1] 23.55555

# vegan column coordinates for axis 1
head(round(scores(vg, choices = 1, display = "sp", scaling = 0)[,1], 3))
# Achimill Agrostol Airaprae Alopgeni Anthodor Bellpere 
#  -0.176    0.400    0.007    0.155   -0.163   -0.097 

#FactoMineR, column coordinates for axis 1
head(round(fm$var$coord[,1], 3))
# Achimill Agrostol Airaprae Alopgeni Anthodor Bellpere 
#   0.854   -1.943   -0.033   -0.751    0.791    0.472 

# Sum of column coordinates for vegan axis 1 to illustrate the difference
sum(scores(vg, choices = 1, display = "sp", scaling = 0)[,1])
# [1] -0.796912

# Sum of column coordinates for FactoMineR axis 1 to illustrate the difference
sum(fm$var$coord[,1])
# [1] 3.867738

如何使用vegan rda对象计算对排序轴的列/物种百分比贡献？

Answer 1

素食主义者中未缩放的分数在（正常）意义上是未缩放的，它们的平方和为1 - 与特征值无关：

> colSums(scores(vg, choices=1:4,dis="sp", scaling=0)^2)
  PC1 PC2 PC3 PC4 
    1   1   1   1

我认为这是记录在案的。如果你想将这些平方条款称为贡献，那对我来说没问题。同样适用于cca，但您需要研究加权平方和。此外，网站（dis = "si"）的未缩放分数将具有相同的单位平方和：这是未缩放的想法。如果您缩放物种或地点，则相同的关系不再适用于其他一组分数。通常，未缩放意味着得分是正交的，使得它们的叉积是单位矩阵（对角线或平方和1和非对角线元素0）。对于缩放分数，这些平方和与特征值成比例（但是对于const蚂蚁缩放分数的设计决策，阅读素食小插图可能会有用

素食主义函数goodness和inertcomp可能（或可能不会）向您提供您正在寻找的信息。

Answer 2

vegan未缩放的（scaling = 0）列坐标具有相等的平方和（即每个轴为1）。您可以获得＆＃34;列贡献＆＃34;通过简单地平方未缩放的坐标：

head(sort(round(100*scores(vg, display = "sp", scaling = 0)[,1]^2, 3), decreasing = TRUE))
# Lolipere Agrostol Eleopalu Planlanc  Poaprat  Poatriv 
#  17.990   16.020   13.866    7.088    6.861    4.850

这些＆＃34;贡献的总和＆＃34;如上所述，等于100％：

sum(100*scores(vg, display = "sp", scaling = 0)[,1]^2)
# [1] 100

如何计算素食rda / cca对象的物种贡献百分比？

2 个答案: